Emplazado en el extremo norte del Mar Menor, cuenta Alfonso XI en su Libro de la Montería, escrito durante el siglo XIV, que El Pinatar, nombre con el que la zona era conocida antaño, “era una espesa masa forestal donde en invierno se caza el jabalí”. Su nombre actual lo recibió a principios del siglo XVII, tras la construcción de un pequeño templo que los pescadores dedicaron a San Pedro Apóstol y Pescador.

Hasta el siglo XVIII tan sólo pobladores dedicados a la pesca y la explotación de las salinas ocupaban la zona. Es en el siglo XIX cuando el municipio se transforma en centro de recreo para los habitantes de la huerta, que fijan su residencia estival en este rincón de la costa, atraídos entre otras cosas por las propiedades curativas del Mar Menor y los famosos baños de lodo en las Charcas de las Salinas beneficiosos para la salud.

Su historia se remonta a la época romana, de la que se han hallado restos de viviendas en el Yacimiento romano de La Raya y en la que se inició la explotación de las salinas de Coterillo, que aún hoy siguen en actividad. Estos humedales forman con las dunas y las playas de La Llana y Torre Derribada, el más antiguo de los parques regionales de Murcia, el Parque Regional de las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar, el cual con sus 857 hectáreas es la zona húmeda más importante de la Región de Murcia, dando cobijo a más de cien especies de aves, entre las que destaca el flamenco.